De leiding over de gemeenten is in de kerk toevertrouwd aan kerkenraden. Deze gemeenten worden door de Kleine Synode van de Protestantse Kerk in Nederland samengebracht in classes. Tot 1 mei kende de kerk 75 classes. Door een reorganisatie is na deze datum het aantal classes teruggebracht tot 11 classis. De classes West Brabant, Peel- en Kempenland, Den Bosch, Limburg, Heusden-Almkerk en de Waals Gemeenten in Nederland werden samengevoegd tot de classis Noord-Brabant, Limburg en de Réunion Wallonne.

De classis telt 135 gemeenten. Daarvan zijn er 16 Gereformeerde Kerk, 34 Hervormde Gemeente, 10 Waalse Gemeente en 75 Protestantse Gemeente Het woord classis betekent letterlijk ‘vloot’.

Een classis wordt geleid door de classicale vergadering die doorgaans driemaal per jaar bijeen komt, haar breed moderamen dat zo’n acht keer per jaar vergadert en haar classispredikant. De classicale vergadering geeft leiding aan het leven en werk van de classis en geeft daarin gestalte aan de verantwoordelijkheid van de gemeenten voor elkaar en voor de gehele kerk en daarbij ook aan de verantwoordelijkheid van de kerk voor de gemeenten. Op dit moment wordt er gewerkt aan het opstellen van het beleidsplan. Als dit klaar is, zal het op de website geplaatst worden.

Taken van de Classicale Vergadering zijn:

Zij draagt voor voor de gemeenten; signaleert wat er in de gemeenten leeft, bevordert de onderlinge verhoudingen, ziet er op toe dat gemeenten hun taak en roeping nakomen, stelt de grenzen vast tussen de gemeenten

Zij draagt zorg voor de presentie van de kerk; stimuleert nieuwe vormen van van gemeente-zijn, onderhoudt contacten met andere kerkgenootschappen, maatschappelijke organisaties, overheden en media.

Zij draagt zorg voor de onderling ontmoeting van de gemeenten. Dat gebeurt in nauwe samenwerking met de voorzitter van het classicaal college voor het opzicht. Een aantal gemeenten vormen een ring. Ook draagt zij zorg voor de ontmoeting tussen predikanten. Een aantal predikanten vormen een werkgemeenschap.

De classicale vergadering spreekt naar de generale synode uit wat er al dan niet in de gemeenten leeft. Op de classicale vergadering wordt het verslag van de synodeafgevaardigde besproken.

De classicale vergadering neemt besluiten over onder andere de vorming van een missionaire gemeente of een huisgemeente, voor het onderbrengen van gemeenten in een samenwerkingsverband, het opheffen van een gemeente.